首先學院缺什么？
兒子在董事會上已經說得很明白了，學院不缺科學家，不缺技術，缺的是一個領導者，一個可以給予學院人文方向的人。
于是他費盡心思把主角爸爸帶到了學院，并在路上制造了一些困難，進入學院后還讓他去地表回收逃跑的合成人，為什么？
一個原因自然是為了考驗一下主角，另一個則是想告訴主角爸爸，先進的技術在不加以合理的引導和控制之下會產生什么樣的后果。
學院在對待某些問題或研究的做法上欠妥，比如粗暴對待三代合成人的自由意志、研究FEV病毒這些，兒子作為父親大人，他也許為學院的技術研究帶來了一系列變革，但在這些問題的處理上是失敗的，因此他的接班人不應該是一個知識淵博的科學家，而是一個可以值得信賴的、擁有人文情懷的、同時又通過考驗深知廢土險惡的人，擁有血緣關系的主角爸爸自然是不二人選。
因此結論是：學院有作惡，但只要在主角爸爸的光輝領導和變革下，一定會擁有美好的未來，而不是在一味地進行各種實驗和研究的道路上越走越遠卻忽略了學院應該具有的人文氣息。即使這條路很不好走。
其次民兵缺什么？
缺的是有組織的體系、清晰明確的政治綱領和強大的技術實力。
前兩個是軟實力，在將軍爸爸的領導下假以時日是可以解決的，但技術是硬實力，尤其在廢土之上，你沒有就是沒有。主角爸爸作為兩者的領導人，可以比較輕松的撮合兩方勢力，將學院擁有的可能是整個北美大陸最強大的科學實力灌注進民兵。
以庇護山丘為起點，一個東部的NCR正初步形成（NCR最開始不也是一個小村子嘛…）。
主角爸爸就是東海岸的Tandi。
學院后面有消滅民兵的任務，我覺得可能是B社不愿意讓這么一個結局太明顯或線性的出現在玩家面前，以免破壞玩家的自由選擇，所以即使這個任務的出發點和理由顯得牽強也要硬上。
最后，兄弟會和鐵路怎么辦呢？
4個組織的初衷都是好的，即使有作惡的行為但沒有誰是邪惡的，這是前提和共識。
但現實是不存在非黑即白的，人都是利益動物。
因此這兩個組織的結果只能是滅掉。
兄弟會因為其根本性宗旨的原因是絕不會和學院妥協的，即使將其保留下來，未來也一定會因為領土或勢力范圍等爭端和民兵在聯邦爆發沖突，對不起，我有理想，但也有需要保護的利益，麥克森又不是我兒，您必須得死。
鐵路更不說了，死。
腦洞時間：
主角爸爸領導學院作為民兵的技術后盾，分析并升級兄弟會留下來的各種作戰工具，以將其利用在民兵身上。
所有想要逃跑的合成人都將得到自由，但他們畢竟是學院制造出來的，學院有權力和義務選擇性的監視其在外的活動，一旦發現有為非作歹圖財害命的行為，立即回收沒得商量。
立即停止三代合成人的制造、所有FEV及其他活體實驗。
授權科學家研究四代合成人。四代合成人在擁有三代智能的同時，必須保證其沒有足夠的“自我意識”和高階的創造力，并在這些問題上產生悖論思考，這是一個技術難點，也是一個道德難點。
指揮民兵擴大勢力范圍，建立據點，逐步形成“國家”的概念和體系，最終建立聯邦。
與同樣壯大起來的NCR爭奪美國中部地區，最后聯手鏟除剩余的英克雷和來自東方神秘國度的遠征軍，最后劃清邊境線將美國一分為二，分而治之。
主角爸爸一代國父永垂不朽。
尚恩冒著分裂學院的風險（部分科學家肯定不爽然后反水），甚至是毀滅學院的風險（主角完全可以倒向其他勢力一口氣端掉學院），費盡心思來讓主角坐這個位置肯定是深思熟慮的結果。和主角有血緣，可以信任；主角完全可以顛覆學院，有能力，鎮得住那幫子董事會，你不服我，那我領著兄弟會鐵路或者民兵進來大開殺戒了。學院現在很多做法備受爭議，這種爭議甚至有來自于學院內部，兒子應該是自認沒有能力去解決這些問題了，他畢竟只是一個科學家，或者沒有時間了，他絕癥了已經，只好交給堅守住了考驗的主角，至于今后具體怎么做，就看主角自己的了，兒子表示反正絕癥了沒我什么事我就先掛了。
（本文作者 西班牙國王L ，版權歸原作者所有）
